לעצטנס, איך דיסקאַווערד עפּעס אַמייזינג!פילע אַוואַנסירטע עקספּערימענט פּראָפעססיאָנאַלס אַרום אים טאָן ניט אפילו וויסן עטלעכע זייער יקערדיק יקספּערמענאַל וויסן פונקטן.

פֿאַר בייַשפּיל, קענען איר ענטפֿערן די פאלגענדע שאלות?

איז עס אַ חילוק צווישן OD260 און A260?וואָס טוט יעדער מיינען?
OD איז די אַבריווייישאַן פון אָפּטיש געדיכטקייַט (אָפּטיש געדיכטקייַט), א איז די אַבריווייישאַן פון אַבזאָרבאַנס (אַבזאָרבאַנס), די צוויי קאַנסעפּס זענען פאקטיש די זעלבע, "אָפּטיש געדיכטקייַט" איז "אַבזאָרבאַנס", אָבער "אָפּטיש געדיכטקייַט" איז אין שורה מיט רובֿ נאציאנאלע סטאַנדאַרדס און מער סטאַנדערדייזד.

יוזשאַוואַלי מיר מעסטן די OD ווערט ביי 260nm צו רעכענען די נוקלעיק זויער קאַנסאַנטריישאַן, אַזוי וואָס רעפּראַזענץ 1OD?
נוקלעיק זויער האט אַ מאַקסימום אַבזאָרפּשאַן שפּיץ אין אַ ווייוולענגט פון 260 נם, וואָס כּולל ביידע דנאַ און רנאַ, ווי געזונט ווי פראַגמאַנטיד נוקלעיק זויער פראַגמאַנץ (דאָס איז דער שליסל פונט).
די אָד ווערט געמאסטן ביי אַ ווייוולענגט פון 260 נם איז רעקאָרדעד ווי OD260.אויב דער מוסטער איז ריין, די OD260 ווערט קענען רעכענען די קאַנסאַנטריישאַן פון די נוקלעיק זויער מוסטער.
1 OD260 = 50 μg/ml dsDNA (טאָפּל-סטראַנדיד דנאַ)
= 37 μג / מל ssDNA (איין-סטראַנדיד דנאַ)
=40 μג / מל רנאַ
= 30 μג / מל דנטפּס (אָליגאָנוקלעאָטידעס)
איז עס קיין קשר און חילוק צווישן RT-PCR, Realtime-PCR און QPCR?
RT-PCR איז קורץ פֿאַר Reverse Transcription PCR
פאַקטיש צייט פּקר = קפּקר, קורץ פֿאַר קוואַנטיטאַטיווע רעאַל צייט פּקר
כאָטש רעאַל צייט פּקר (פאַקטיש-צייט פלורעסאַנט קוואַנטיטאַטיווע פּקר) און פאַרקערט טראַנסקריפּציע פּקר (פאַרקערט טראַנסקריפּציע פּקר), ביידע ויסקומען צו זיין אַבריוויייטיד ווי RT-PCR.אָבער די אינטערנאַציאָנאַלע קאַנווענשאַן איז: RT-PCR ספּאַסיפיקלי רעפערס צו פאַרקערט טראַנסקריפּציע פּקר.

וואָס זענען די קאַמאַנלי געניצט nt, bp, און kb צו באַשרייַבן די לענג פון דנאַ / רנאַ אין ביאָלאָגי?
nt = נוקלעאָטידע
בפּ = באַזע פּאָר באַזע פּאָר
kb = קילאָבאַסע

פון קורס, איר וואָלט זאָגן אַז פילע מענטשן טאָן ניט זאָרגן וועגן די קליין פרטים!אַלעמען טוט דאָס, און קיין איינער וועט פרעגן איר וואָס עס איז.איר וויסן אַז דאָס איז ומנייטיק, רעכט?

ניין, ניין, ניין, עס איז זייער נייטיק צו וויסן דעם!צוליב וואָס?
ווייַל איר ווילן צו פּאָסטן אַן אַרטיקל!ברודער!צי איר אַימעד פֿאַר גראַדזשאַוויישאַן אָדער פּערסוינג וויסנשאפטלעכע פאָרשונג דערגרייכונגען, איר מוזן פאַרלאָזנ אויף אַרטיקלען צו רעדן!

נוקלעיק זויער יקסטראַקשאַן זאָל זיין די סימפּלאַסט און מערסט יקערדיק עקספּערימענט.די קוואַליטעט פון נוקלעיק זויער יקסטראַקשאַן גלייך דיטערמאַנז די רעזולטאַטן פון סאַבסאַקוואַנט יקספּעראַמאַנץ.

כאטש איך האב עס שוין אסאך מאל געזאגט, זענען נאך דא אסאך פריינט וואס טארן נישט.דאָס מאָל איך באַשלאָסן צו מאַך אויס פון דעם אַרטיקל!

מינימום אינפֿאָרמאַציע פֿאַר ארויסגעבן פון קוואַנטיטאַטיווע פאַקטיש-צייט פּקר יקספּעראַמאַנץ, ריפערד צו ווי MIQE, איז אַ סכום פון פלואָרעססענסע קוואַנטיטאַטיווע עקספּערימענט גיידליינז לאָנטשט ינטערנאַשאַנאַלי, וואָס לייגט מינימום סטאַנדאַרדס פֿאַר די יקספּערמענאַל אינפֿאָרמאַציע נייטיק פֿאַר יוואַליוייטינג פלואָרעססענסע קוואַנטיטאַטיווע פּקר יקספּעראַמאַנץ און ארויסגעבן אַרטיקלען.דורך די יקספּערמענאַל טנאָים און אַנאַליסיס מעטהאָדס צוגעשטעלט דורך די עקספּערימענט, די ריוויוערז קענען בעסער אָפּשאַצן די גילטיקייַט פון די יקספּערמענאַל סכעמע פון ​​די פאָרשער.

עס קענען זיין געזען אַז אין דער אָפּטיילונג פון נוקלעיק זויער יקסטראַקשאַן, די פאלגענדע דיטעקשאַן זאכן זענען פארגעלייגט,

"E" ינדיקייץ אינפֿאָרמאַציע וואָס מוזן זיין צוגעשטעלט און "ד" ינדיקייץ אינפֿאָרמאַציע וואָס זאָל זיין צוגעשטעלט אויב נייטיק.

די פאָרעם איז זייער קאָמפּליצירט, אין פאַקט, איך ווילן צו זאָגן אַז אַלעמען דאַרף אָנהייבן פון

ריינקייַט (ד), טראָגן (ד), אָרנטלעכקייַט (E) און קאָנסיסטענסי (E) צו אָפּשאַצן נוקלעיק אַסאַדז אין די פיר אַספּעקץ.

לויט צו יקספּערמענאַל געוווינהייטן, ערשטער רעדן וועגן די אפשאצונג מעטהאָדס פון ריינקייַט און קאַנסאַנטריישאַן.

OD מעזשערמאַנט איז די באַליבסטע און יזיאַסט דיטעקשאַן אופֿן פֿאַר יקספּעראַמאַנץ.וועגן דעם פרינציפ וועל איך דא נישט אריינגיין אין פרטים.פילע לאַבאָראַטאָריעס איצט נוצן הינטער-מיקראָ ספּעקטראָפאָטאָמעטערס צו גלייַך קוואַנטיטאַטיווע אַנאַלייז נוקלעיק זויער סאַמפּאַלז.בשעת ווייַזנדיק די אַבזאָרבאַנס ווערט, די פּראָגראַם גיט גלייַך די קאַנסאַנטריישאַן ווערט (נוקלעיק זויער, פּראָטעין און פלורעסאַנט פאַרב) און פֿאַרבונדענע ריישיאָוז.ווי פֿאַר די אַנאַליסיס פון די OD ווערט, היט דעם בילד און איר וועט זיין גוט.

וניווערסאַל אָד ווערט לייזונג רשימה

אָבער, עס זענען עטלעכע קייוויאַץ וואָס דאַרפֿן צו זיין געבראכט סעפּעראַטלי פֿאַר איר.

(נאָך אַלע, איך וויסן איר מוזן זיין די וואָס שפּאָרן זיך און וואַרטן ביז איר דאַרפֿן זיי!)

באַמערקונג 1 ויסריכט

די OD ווערט וועט זיין אַפעקטאַד דורך פאַרשידענע ויסריכט.ווי לאַנג ווי די OD260 איז אין אַ זיכער קייט, די וואַלועס פון OD230 און OD280 זענען מינינגפאַל.פֿאַר בייַשפּיל, די אַבזאָרבאַנס קייט פון די פּראָסט Eppendorf D30 ביי 260nm איז 0 ~ 3A, און די NanoDrop One פון Thermo איז ביי 260nm.די אַבזאָרבאַנס קייט פון 0.5 ~ 62.5 אַ.

באַמערקונג 2דיילושאַן רייידזשאַנט

די OD ווערט קענען זיין אַפעקטאַד דורך די דיילושאַן פון פאַרשידענע רייידזשאַנץ.פֿאַר בייַשפּיל, די OD260/280 לייענען פון פּיוראַפייד רנאַ אין ף7.5 10מם טריסבאַפער איז צווישן 1.9-2.1, בשעת איןנייטראַל ייקוויאַס לייזונגדי פאַרהעלטעניש וועט זיין נידעריקער, אפֿשר בלויז 1.8-2.0, אָבער דאָס טוט נישט מיינען אַז די קוואַליטעט פון רנאַ ענדערונגען דיפפערענסע.

באַמערקונג 3רעזידענטשאַל סאַבסטאַנסיז

די עקזיסטענץ פון ריזידזשואַל סאַבסטאַנסיז וועט ווירקן די אַקיעראַסי פון מעזשערמאַנט פון נוקלעיק זויער קאַנסאַנטריישאַן, אַזוי עס איז נייטיק צו ויסמיידן רעזאַדוז פון פּראָטעין, פענאָל, פּאַליסאַקערייד און פּאָליפענאָל אין נוקלעיק זויער סאַמפּאַלז ווי פיל ווי מעגלעך.

אָבער, אין פאַקט, יקסטראַקשאַן מיט אָרגאַניק רייידזשאַנץ איז אַן אַלט אופֿן.אין געשעפט קיט, די יקסטראַקשאַן ווירקונג קענען זיין אַטשיווד דורך אַ סיליקאַ-באזירט אַדסאָרפּטיאָן זייַל קאַמביינד מיט סענטריפוגיישאַן, ויסמיידן טאַקסיק און שעדלעך אָרגאַניק רייידזשאַנץ וואָס זענען שווער צו באַזייַטיקן, אאז"ו ו די פּראָבלעם, אַזאַ וויפאָרעגענע ס נוקלעיק זויער יקסטראַקשאַן ינווענטאַר, טוט נישט נוצן דנאַסע / רנאַסע און טאַקסיק אָרגאַניק רייידזשאַנץ בעשאַס די אָפּעראַציע, שנעל און זיכער, און דיווירקונג איזגוט(צופאַל געזאגט אַז עס איז ליסע, אָבער איך וויסן איר ווילן צו וויסן).

בייַשפּיל 1: גענאָמיק דנאַ יקסטראַקשאַן טראָגן און ריינקייַט

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) טריץ באָדן סאַמפּאַלז פון פאַרשידן קוואלן, און די סומע און ריינקייַט פון גענאָמיק דנאַ באקומען זענען געוויזן אין די פאלגענדע טיש:
בייַשפּיל 2: געוועב רנאַ יקסטראַקשאַן טראָגן און ריינקייַט

כייַע גאַנץ רנאַ יסאָלאַטיאָן קיט (RE-03012) פּראַסעסט פאַרשידן געוועב סאַמפּאַלז, און די סומע און ריינקייַט פון רנאַ באקומען זענען געוויזן אין די טיש אונטן (פֿאַר מויז געוועב):
אָבער, טאָן ניט טראַכטן אַז איר זענט פאַרטיק מיט די OD ווערט.צי איר האָבן קיין זאָרגן פון די שליסל ווייזט איך געצויגן פֿאַר איר אין די פראָנט?

נאָטיץ

פראַגמענטעד נוקלעיק זויער מאַלאַקיולז וועט אויך זיין קאַלקיאַלייטיד אין די אַבזאָרבאַנס.אַסומינג אַז איר האָבן גענאָמיק דנאַ רעזאַדוז אין די רנאַ, דיין אָד ווערט וועט זיין זייער הויך, אָבער די פאַקטיש קאַנסאַנטריישאַן פון רנאַ קענען ניט זיין באשלאסן.צי דיין רנאַ איז עס איז נישט קלאָר צי עס איז דערנידעריקונג, אַזוי מיר נאָך דאַרפֿן אַ פולשטענדיק אפשאצונג אופֿן צו געבן אַ מער פּינטלעך משפט, דאָס איז, די יוואַליויישאַן פון נוקלעיק זויער אָרנטלעכקייַט דערמאנט אין MIQE.