Ct ווערט איז די מערסט וויכטיק רעזולטאַט פּרעזענטירונג פאָרעם פון פלורעסאַנט קוואַנטיטאַטיווע פּקר.עס איז געניצט צו רעכענען דיפעראַנסיז פון דזשין אויסדרוק אָדער דזשין קאָפּיע נומער.אַזוי וואָס איז די Ct ווערט פון פלורעסאַנס קוואַנטאַפאַקיישאַן געהאלטן גלייַך?ווי צו ענשור די עפעקטיוו קייט פון Ct ווערט?
וואָס איז Ct ווערט?
בעשאַס די qPCR אַמפּלאַפאַקיישאַן פּראָצעס, די קאָראַספּאַנדינג נומער פון אַמפּלאַפאַקיישאַן סייקאַלז (סיקלע שוועל) ווען די פלואָרעססענסע סיגנאַל פון די אַמפּלאַפייד פּראָדוקט ריטשאַז די באַשטימט פלואָרעססענסע שוועל.C שטייט פֿאַר ציקל און T שטייט פֿאַר שוועל.סימפּלי, די Ct ווערט איז די נומער פון סייקאַלז קאָראַספּאַנדינג צו ווען די ערשט מוסטער אַמפּלאַפאַקיישאַן ריטשאַז אַ זיכער סומע פון פּראָדוקט אין qPCR.די אַזוי גערופענע "אַ זיכער סומע פון פּראָדוקט" וועט זיין ווייַטער דערקלערט שפּעטער.
וואָס טוט די Ct ווערט טאָן?
1. שייכות צווישן עקספּאָונענשאַל אַמפּלאַפאַקיישאַן, טעמפּלאַטע סומע און קט ווערט
ידעאַללי, גענעס אין qPCR זענען אַקיומיאַלייטיד דורך עקספּאָונענשאַל אַמפּלאַפאַקיישאַן נאָך אַ זיכער נומער פון סייקאַלז.די שייכות צווישן די נומער פון אַמפּלאַפאַקיישאַן סייקאַלז און די סומע פון פּראָדוקטן איז: אַמפּלאַפייד פּראָדוקט סומע = ערשט מוסטער סומע × (1+ען) סייקאַלז נומער.אָבער, די qPCR אָפּרוף איז נישט שטענדיק אין אַ ידעאַל סיטואַציע.ווען די סומע פון אַמפּלאַפייד פּראָדוקט ריטשאַז אַ "זיכער פּראָדוקט סומע", די נומער פון סייקאַלז אין דעם צייט איז די Ct ווערט, און עס איז אין די עקספּאָונענשאַל אַמפּלאַפאַקיישאַן צייַט.די שייכות צווישן די Ct ווערט און די סומע פון סטאַרטינג מוסטער: עס איז אַ לינעאַר שייכות צווישן די Ct ווערט פון די מוסטער און די לאָגאַריטהם פון די סטאַרטינג קאָפּיע נומער פון די מוסטער.די העכער די ערשט מוסטער קאַנסאַנטריישאַן, די קלענערער די Ct ווערט;די נידעריקער דער ערשט מוסטער קאַנסאַנטריישאַן, די גרעסערע די Ct ווערט.
2.אַמפּליפיקאַטיאָן ויסבייג, פלורעסאַנס שוועל און זיכער פּקר פּראָדוקט סומע
די סומע פון qPCR אַמפּלאַפאַקיישאַן פּראָדוקט איז גלייך דערלאנגט אין די פאָרעם פון פלורעסאַנט סיגנאַל, דאָס איז די אַמפּלאַפאַקיישאַן ויסבייג.אין דער פרי בינע פון פּקר, די אַמפּלאַפאַקיישאַן איז אונטער ידעאַל טנאָים, די נומער פון סייקאַלז איז קליין, די פּראָדוקט אַקיומיאַליישאַן איז קליין, און די פלואָרעססענסע מדרגה קענען ניט זיין קלאר אונטערשיידן פון די פלואָרעססענסע הינטערגרונט.נאָך דעם, די פלואָרעססענסע ינקריסיז און גייט אריין די עקספּאָונענשאַל פאַסע.די סומע פון PCR פּראָדוקט קענען זיין דיטעקטאַד אין אַ זיכער פונט ווען די PCR אָפּרוף איז פּונקט אין די עקספּאָונענשאַל פאַסע, וואָס קענען זיין געוויינט ווי "אַ זיכער סומע פון פּראָדוקט", און דער ערשט אינהאַלט פון די מוסטער קענען זיין דידוסט פון דעם.דעריבער, די פלואָרעססענסע סיגנאַל ינטענסיטי קאָראַספּאַנדינג צו אַ זיכער סומע פון פּראָדוקט איז די פלורעסאַנס שוועל.
אין די שפּעט בינע פון פּקר, די אַמפּלאַפאַקיישאַן ויסבייג ניט מער ווייַזן עקספּאָונענשאַל אַמפּלאַפאַקיישאַן, און גייט אריין די לינעאַר פאַסע און פּלאַטאָ פאַסע.
3.רעפּראָדוסיביליטי פון קט וואַלועס
ווען די פּקר ציקל ריטשאַז די ציקל נומער פון די Ct ווערט, עס איז פּונקט אריין אין דער אמת עקספּאָונענשאַל אַמפּלאַפאַקיישאַן צייַט.אין דעם צייַט, דער קליין טעות איז נישט אַמפּלאַפייד, אַזוי די רעפּראָדוסיביליטי פון די Ct ווערט איז ויסגעצייכנט, דאָס איז, דער זעלביקער מוסטער איז אַמפּלאַפייד אין פאַרשידענע צייט אָדער אין פאַרשידענע טובז אין דער זעלביקער צייט.אַמפּלאַפאַקיישאַן, די באקומען Ct ווערט איז קעסיידערדיק.
1.אַמפּליפיקאַטיאָן עפעקטיווקייַט ען
פּקר אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט רעפערס צו די עפעקטיווקייַט מיט וואָס די פּאָלימעראַסע קאַנווערץ די דזשין צו זיין אַמפּלאַפייד אין אַן אַמפּליקאָן.די אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט ווען איין דנאַ מאַלאַקיול איז פארוואנדלען אין צוויי דנאַ מאַלאַקיולז איז 100%.אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט איז קאַמאַנלי אויסגעדריקט ווי En.אין סדר צו פאַסילאַטייט די אַנאַליסיס פון סאַבסאַקוואַנט אַרטיקלען, די סיבות וואָס ווירקן די אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט זענען בעקיצער באַקענענ.
| ינפלואַנסינג סיבות | דערקלערונג | ווי צו ריכטער? |
| יי פּקר ינכיבאַטערז | 1. די מוסטער דנאַ כּולל סאַבסטאַנסיז וואָס ינכיבאַט די פּקר אָפּרוף, אַזאַ ווי פּראָטעינס אָדער דיטערדזשאַנץ.2. די קדנאַ נאָך פאַרקערט טראַנסקריפּציע כּולל אַ הויך קאַנסאַנטריישאַן פון מוסטער רנאַ אָדער רט רייידזשאַנט קאַמפּאָונאַנץ, וואָס קען אויך ינכיבאַט די סאַבסאַקוואַנט פּקר אָפּרוף. | 1. צי עס איז פאַרפּעסטיקונג קענען זיין געמשפט דורך מעסטן די פאַרהעלטעניש פון A260/A280 און A260/A230 אָדער רנאַ עלעקטראָפאָרעסיס.2. צי די cDNA איז דיילוטאַד לויט אַ זיכער פאַרהעלטעניש נאָך פאַרקערט טראַנסקריפּציע. |
| בי ימפּראַפּער אָנפאַנגער פּלאַן | פּרימערז טאָן ניט אַנילינג יפישאַנטלי | קוק פּרימערז פֿאַר אָנפאַנגער-דימערז אָדער האַירפּינס, מיסמאַטשעס און מאל ספּאַנינג ינטראָניק דיזיינז. |
| סי ימפּראַפּער פּקר אָפּרוף פּראָגראַם פּלאַן | 1. פּרימערז קענען נישט יפעקטיוולי אַנילינג2. ניט גענוגיק מעלדונג פון דנאַ פּאָלימעראַסע 3. לאַנג-טערמין הויך טעמפּעראַטור דנאַ פּאָלימעראַסע טעטיקייט דיקריסט | 1. די אַנילינג טעמפּעראַטור איז העכער ווי די טם ווערט פון די אָנפאַנגער2. פאַר-דענאַטוראַטיאָן צייַט איז אויך קורץ 3. די צייט פון יעדער בינע פון דער אָפּרוף פּראָצעדור איז צו לאַנג |
| ד ניט גענוגיק מיקסינג פון רייידזשאַנץ אָדער פּיפּעטטינג ערראָרס | אין דער אָפּרוף סיסטעם, די היגע קאַנסאַנטריישאַן פון פּקר אָפּרוף קאַמפּאָונאַנץ איז צו הויך אָדער אַניוואַן, ריזאַלטינג אין ניט-עקספּאָונענטיאַל אַמפּלאַפאַקיישאַן פון פּקר אַמפּלאַפאַקיישאַן. | |
| E. אַמפּליקאָן לענג | די לענג פון די אַמפּליקאָן איז צו לאַנג, יקסיד 300 בפּ, און די אַמפּליפיקאַטיאָן עפעקטיווקייַט איז נידעריק | קוק אַז די אַמפּליקאָן לענג איז צווישן 80-300 בפּ |
| F. השפּעה פון קפּקר רייידזשאַנץ | די קאַנסאַנטריישאַן פון דנאַ פּאָלימעראַסע אין די רייידזשאַנט איז נידעריק אָדער די קאַנסאַנטריישאַן פון ייאַנז אין די באַפער איז נישט אָפּטימיזעד, ריזאַלטינג אין די Taq ענזיים טעטיקייט איז נישט ריטשינג די מאַקסימום. | באַשטימונג פון אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט דורך נאָרמאַל ויסבייג |
2.ראַנגע פון קט וואַלועס
Ct וואַלועס קייט פון 15-35.אויב די Ct ווערט איז ווייניקער ווי 15, עס איז קאַנסידערד אַז די אַמפּלאַפאַקיישאַן איז אין די קייט פון די באַסעלינע צייַט און די פלואָרעססענסע שוועל איז נישט ריטשט.ידעאַללי, עס איז אַ לינעאַר שייכות צווישן די Ct ווערט און די לאָגאַריטהם פון די ערשט קאָפּיע נומער פון די מוסטער, דאָס איז, די נאָרמאַל ויסבייג.דורך די נאָרמאַל ויסבייג, ווען די אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט איז 100%, די קאַלקיאַלייטיד Ct ווערט פֿאַר קוואַנטאַפייינג די איין קאָפּיע נומער פון די דזשין איז אַרום 35. אויב עס איז גרעסער ווי 35, די ערשט קאָפּיע נומער פון די מוסטער איז טעאָרעטיש ווייניקער ווי 1, וואָס קענען זיין געהאלטן מינינגלאַס.
פֿאַר פאַרשידענע דזשין Ct ריינדזשאַז, רעכט צו דער חילוק אין דזשין קאָפּיע נומער און אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט אין די ערשט מוסטער סומע, עס איז נייטיק צו מאַכן אַ נאָרמאַל ויסבייג פֿאַר די דזשין און רעכענען די לינעאַר דיטעקשאַן קייט פון די דזשין.
3.ינפלואַנסינג סיבות פון קט ווערט
פֿון די שייכות צווישן די נומער פון אַמפּלאַפאַקיישאַן סייקאַלז און די סומע פון פּראָדוקט: סומע פון אַמפּלאַפייד פּראָדוקט = סומע פון ערשט מוסטער × (1+En) ציקל נומער, עס קענען זיין געזען אַז אונטער ידעאַל טנאָים, די סומע פון ערשט מוסטער און En וועט האָבן אַ נעגאַטיוו פּראַל אויף Ct ווערט.דער חילוק אין מוסטער קוואַליטעט אָדער אַמפּלאַפאַקיישאַן עפעקטיווקייַט וועט מאַכן די Ct ווערט צו גרויס אָדער צו קליין.
4.קט ווערט איז אויך גרויס אָדער צו קליין
פּאָסטן צייט: פעברואר 22-2023
